De Flevolijn is in de jaren ’80 van de twintigste eeuw aangelegd in de IJsselmeerpolders Oostelijk en Zuidelijk Flevoland. De polders zijn respectievelijk in 1957 en 1968 gereed. Vanaf de goedkeuring door de minister begin jaren ’70 tot het in gebruik nemen van de verbinding is een periode van vijftien jaar nodig om de spoorlijn te realiseren. Voor het eerst in de geschiedenis van de spooraanleg heeft ook de publieke opinie op grote schaal invloed op het proces. Op het oude land heeft het tracé te maken met het Naardermeer en de Keverdijkse Polder en op het nieuwe land zijn inmiddels de Oostvaardersplassen ontstaan. Brede maatschappelijke discussies en protesten leiden tot een opvallend slingerend tracé door een gebied dat voornamelijk uit kaarsrechte lijnen bestaat. In 1987 wordt het traject Weesp – Almere Buiten in gebruik genomen. Een jaar later wordt Lelystad bereikt.
Bij de ontwikkeling van de zuidelijke IJsselmeerpolders is al vanaf het begin rekening gehouden met de aanleg van een railverbinding tussen het oude- en het nieuwe land. In 1943 ontwerpen ingenieurs van NS drie spoorlijnen naar de centraal geplande Flevostad, wat later Lelystad zou worden. De lijnen lopen vanuit Amsterdam door de Markerwaard, vanuit Kampen via Oostelijk Flevoland en vanuit Weesp door Zuidelijk Flevoland. Laatstgenoemde verbinding is de voorloper van de huidige Flevolijn. Begin jaren ’60 wordt besloten om in de zuidelijke IJsselmeerpolders meerdere steden te bouwen om de steeds drukker wordende Randstad te ontlasten. Hierbij wordt opnieuw een verbinding tussen Weesp, Lelystad en Kampen genoemd. Twee jaar later is besloten om de spoorlijn vooralsnog alleen tussen Weesp en Lelystad aan te leggen. In 1973 volgt het definitieve besluit om de spoorlijn aan te leggen. Het duurt echter nog tot 1981 voordat het uiteindelijke tracé is vastgesteld. Een groot verschil met de ontwikkeling van eerder aangelegde spoorlijnen is de discussie over de landschappelijke inpassing en de eventuele aantasting van natuurgebieden. Zo sluit de spoorlijn bij Weesp niet door middel van een fly-over maar via een dive-under aan op de Gooilijn. Ook de later aangelegde Gooiboog krijgt dive-unders. Reden hiervoor is het ontzien van de ecologisch belangrijke Keverdijkse Polder en de aanvliegroute van aalscholvers. Verder richting Flevoland is windmolen De Onrust, de afwateringsmolen van het Naardermeer, met een grote boog ontzien. De sprong van het oude naar het nieuwe land loopt naast de A6 over de Hollandse Brug. Met ruim 16 meter boven NAP is de spoorlijn hier op haar hoogste punt. Terwijl het oorspronkelijke tracé als rechte lijn tussen Almere en Lelystad is gepland, ontstaan na de drooglegging van Zuidelijk Flevoland de Oostvaardersplassen. Na felle protesten is besloten het tracé in in de vorm van een badkuip om het gebied heen te leggen.
NS neemt het traject Weesp – Almere Buiten in mei 1987 in de dienstregeling op. Een jaar later volgt het resterende deel naar Lelystad. Met het oog op de toekomstige doortrekking als Zuiderzee- danwel Hanzelijn is de spoorlijn nog enkele kilometers doorgetrokken. Ten noorden van Lelystad is een opstelterrein aangelegd. De vormgeving van de Flevolijn is zoveel mogelijk eenduidig. Zo zijn de kunstwerken en de ruwbouw van de kleinere stations overal nagenoeg gelijk en hebben alle kunstwerken een horizontale rode streep. De kleur rood komt ook op alle stations uitdrukkelijk terug.
In december 2004 wordt de Gooiboog in gebruik genomen. Hiermee ontstaat een rechtstreekse treinverbinding tussen Utrecht, Het Gooi en Flevoland. Weesp verliest hiermee gedeeltelijk de functie als overstapstation.
Drie jaar later start de aanleg van de Hanzelijn tussen Lelystad en Zwolle. Aan het eind van dat jaar wordt besloten de Zuiderzeelijn naar Heerenveen en Groningen definitief niet aan te leggen en het gereserveerde geld aan andere projecten voor de bereikbaarheid van Noord-Nederland te steken. De Hanzelijn wordt in december 2012 in gebruik genomen. Hiermee verandert de Flevolijn na 25 jaar van doodlopende spoorlijn in de belangrijkste doorgaande spoorwegverbinding tussen de Randstad en Noord-Nederland. Na de opening van de Hanzelijn begint de lobby voor de zogenaamde Lelylijn, waarmee feitelijk de plannen voor de Zuiderzeelijn weer uit de ijskast zijn gehaald.
Met het oog op de groei van beide steden is bij de aanleg van de spoorlijn voor zeven stations de betonnen ruwbouw aangelegd. Vier stations zijn direct bij de opening van de spoorlijn in gebruik genomen. Later zijn de stations Almere Parkwijk en Almere Oostvaarders geopend. Terwijl het snelgroeiende Almere met station Poort in december 2012 zelfs al het eerste ‘onvoorziene’ station krijgt, blijft de ruwbouw van het geplande tweede station van Lelystad, Lelystad Zuid, vooralsnog onaangetast.
DIENSTREGELING
Na de opening van de Flevolijn rijdt elk half uur een stoptrein tussen Amsterdam CS en Almere Buiten. NS trekt de verbinding een jaar later door naar Lelystad Centrum. In de spits rijdt een extra halfuursdienst die in de drukste richting op alle stations stopt en in op de terugweg alleen in Almere CS en Lelystad. Wanneer in mei 1993 de Zuidelijke tak van de Schiphollijn is geopend, breidt NS de treindienst op de Flevolijn flink uit. Tussen Den Haag CS – Lelystad Centrum rijdt voortaan elk half uur een stoptrein. Tussen Amsterdam CS en Lelystad gaat elk half uur een sneltrein rijden. Deze stopt alleen in Almere CS. Tussen Almere Buiten en Amsterdam CS rijdt op werkdagen en zaterdagen bovendien elk half uur een stoptrein. Twee jaar later wordt de treindienst weer ingekrompen. Vanaf mei 1995 rijdt elk uur een sneltrein Schiphol – Lelystad, een sneltrein Enkhuizen – Amsterdam – Lelystad, een stoptrein Den Haag – Lelystad en een stoptrein Amsterdam – Lelystad. De sneltreinen stoppen voortaan ook in Almere Buiten en Weesp. Samen met de verbindingen op de Gooilijn wordt zo een frequente maar complexe treindienst naar een groot aantal stations geboden, al dan niet met overstap in Weesp. In mei 1998 vereenvoudigt NS de dienstregeling. Voortaan rijdt elk halfuur een stoptrein Lelystad – Amsterdam Zuid – Hoofddorp en een stoptrein Almere Buiten – Amsterdam Centraal. Deze trein rijdt enkele jaren door naar Enkhuizen. Bovendien rijdt vanaf mei 1998 elk half uur een sneltrein Lelystad – Amsterdam Centraal. Deze stopt niet langer in Weesp. In 2001 wordt de sneltreindienst doorgetrokken naar Schiphol en Hoofddorp. Ook gaat dat jaar in de spits een extra sneltreindienst tussen Lelystad, Amsterdam Zuid en Schiphol van start.
Eind 2003 zijn station Almere Oostvaarders en de Gooiboog gereed. De dienstregeling op de Flevolijn verandert hierbij opnieuw. Vanaf 12 december dat jaar rijdt elk half uur naast de sneltrein Lelystad – Amsterdam Centraal – Hoofddorp een stoptrein Almere Oostvaarders – Utrecht Centraal, een stoptrein Almere Oostvaarders – Amsterdam Centraal en een stoptrein Lelystad – Amsterdam Zuid – Hoofddorp. Twee jaar later wordt de stoptrein Almere Oostvaarders – Utrecht Centraal volgens de nieuwe richtlijnen van NS een intercitydienst. De treinen stoppen echter nog altijd op alle Almeerse stations. In december 2008 koppelt NS de stoptreindienst Almere Oostvaarders – Amsterdam aan de stoptreindienst Amsterdam – Uitgeest/Alkmaar. Een jaar later gaat de stoptreindienst Lelystad – Amsterdam Zuid – Schiphol vanaf Almere Oostvaarders rijden. De intercity naar Utrecht start voortaan in Almere Centrum. Tussen Lelystad en Schiphol gaat een nieuwe intercitydienst van start. Deze intercitydienst wordt in december 2011 doorgetrokken naar Leiden en Den Haag Centraal.
De opening van de Hanzelijn zorgt in december 2012 voor de volgende wijziging in de dienstregeling. Voortaan rijdt elk halfuur een intercity vanuit Leeuwarden danwel Groningen via Lelystad naar Amsterdam Zuid, Schiphol en Den Haag Centraal. Aansluitend rijdt een intercity van Lelystad via Amsterdam Centraal naar Schiphol, Rotterdam en Vlissingen. Tweemaal per uur rijdt een sprinter Zwolle – Amsterdam Centraal en een sprinter Almere Oostvaarders – Amsterdam Zuid – Hoofddorp. De intercitydienst naar Utrecht wordt opnieuw een sprinterdienst en start weer in Almere Oostvaarders. In Almere wordt tegelijkertijd het station Almere Poort geopend. Almere Buiten verliest de intercitystatus.
MATERIEELINZET
De treindienst op de Flevolijn wordt vanaf de opening voornamelijk met het Stadsgewestlijk Materieel gereden. Ook rijdt er Materieel ’64 en in de spits worden enkele treinen met het Dubbeldeksmaterieel gereden. Vanaf 1992 neemt het nieuwe DD-AR materieel een belangrijk deel van de treindiensten over. In 2001 verdwijnt het SGM grotendeels van de Flevolijn en keert het Materieel ’64 terug in de stoptreindiensten op de verbinding. Het materieel rijdt de eerste jaren na de opening van de Gooiboog de intercitytreinen naar Utrecht. In december 2008 keert het Stadsgewestelijk Materieel terug in de Sprinterdiensten op de Flevolijn. Begin 2011 worden deze diensten grotendeels overgenomen door het nieuwe SLT-materieel. Dezelfde periode neemt het DD-IRM de meeste intercitydiensten over.
De opening van de Hanzelijn zorgt ervoor dat het Intercitymaterieel planmatig op de Flevolijn verschijnt. De treinstellen rijden een klein deel van de nieuwe intercitydienst tussen Leeuwarden/Groningen en Den Haag Centraal. Het DD-IRM rijdt de overige intercity’s. Alle sprinterverbindingen worden met SLT-treinstellen gereden. Het DD-AR materieel verdwijnt bij het ingaan van de nieuwe dienstregeling na twintig jaar van de Flevolijn.
Na de opening van de Hanzelijn wordt de Flevolijn regelmatig als omleidingsroute gebruikt. Zo rijdt op 13 september 2014 E-loc 1748 met de intercity Berlijn Ostbahnhof – Amsterdam Centraal even ten oosten van de halte Almere Parkwijk.