Bij de beslissing om het land te ontsluiten met een door de Staat aan te leggen spoorwegnet, besluit de regering ook over de toewijzing van de stationsgebouwen. De standaardontwerpen zijn ingedeeld in vijf klassen, waarbij de eerste klasse nog eens is onderverdeeld in drie soorten. Zutphen krijgt als enige een stationsgebouw van het type tweede klasse. Het symmetrische gebouw bestaat uit een breed hoog middendeel met in het midden een halfronde versiering met uurwerk. Aan weerszijden komen lange lage zijvleugels met een plat dak. Met uitzondering van de versiering is de perrongevel gelijk aan de straatgevel. Vanwege de ligging bij de brug over de IJssel staat het stationsgebouw enkele meters boven het straatniveau van de binnenstad. Het station, waar de staatslijn Arnhem – Zwolle en de lijn Zutphen – Hengelo samenkomen, is in februari 1865 in gebruik genomen.
Met het oog op de komst van de Oosterspoorweg uit Amsterdam en de nieuwe lijn naar Winterswijk en hiermee het medegebruik van de HSM, is het stationsgebouw in 1875 aanzienlijk vergroot. Aan beide zijden komt een hoog eindgebouw. Voor het hoofdgebouw komt een vestibule. Ook worden de gevels opnieuw ingedeeld. Het goederenemplacement verhuist naar het terrein ten noorden van het station om ruimte te maken voor een tweede perron.
Net als in veel andere steden raakt ook het Zutphense stationsgebouw tijdens de Tweede Wereldoorlog zwaar beschadigd. Het provisorisch herstelde Waterstaatstation is in 1952 vervangen door een nieuw stationsgebouw dat zo’n 150 meter ten oosten van het oude gebouw is gesitueerd. Het symmetrische gebouw bestaat voornamelijk uit beton en glas. Het gebouw krijgt een gedeeltelijk dubbele zuilenrij waarop boven de ingang een luifel rust. Boven de zijvleugels vormen de zuilen een open pergola. Terwijl de zijvleugels bijna compleet gesloten zijn, bestaat de voorgevel vrijwel geheel uit glas. Aan de perronzijde komt langs het hele gebouw een luifel die eveneens op zuilen rust. In tegenstelling tot het oude stationsgebouw staat het nieuwe gebouw op straatniveau. De hoge stationshal sluit aan op de reizigerstunnel naar het hooggelegen middenperron. In tegenstelling tot de vergelijkbare stationsgebouwen in Enschede, Hengelo, Arnhem en Leiden ontbreken de classicistische details en krijgt het station geen klokkentoren maar een grote klok boven de ingang.
In 1996 is het middenperron voor het eerst voorzien van een overkapping. Hierbij is het perrongebouw dat met een luifel voor de enige beschutting zorgt, vervangen door een nieuw gebouwtje met wachtruimte. Datzelfde jaar is de reizigerstunnel is verbreed door het samenvoegen met de vroegere bagagetunnel. In 1999 is de tunnel doorgetrokken naar de andere zijde van het emplacement. Tien jaar later wordt voor het gebouw het vernieuwde stationsplein in gebruik genomen. Onder het plein is een nieuwe fietsenstalling gebouwd. Behalve bestrating zijn op het dak van de fietsenstalling ook twee tuinen aangelegd.
Op de foto boven dit artikel het stationsgebouw van Zutphen op 26 oktober 2019.