Het station Krommenie-Assendelft is in november 1869 tegelijkertijd met het baanvak Uitgeest – Zaandam van Staatslijn K in gebruik genomen. Het station is voorzien van een nieuwe versie van het standaard waterstaatstation van het type derde klasse. Het ontwerp dat ook in andere plaatsen langs de Zaanlijn en in de noordelijke provincies is toegepast, is symmetrisch en kent een hoog middendeel en twee lage zijvleugels. In tegenstelling tot de eerste variant van het type derde klasse kent het middendeel afgeschuinde hoeken. Ook zijn er meer versieringen toegepast. Van het type is uiteindelijk alleen het stationsgebouw van Zuidbroek bewaard.
Net als andere stations langs de Zaanlijn die periode is het overbodige stationsgebouw in 1978 gesloopt. De loketten verhuizen naar een nieuw gebouw op het eilandperron ook krijgt het perron een nieuwe overkapping.
In 2013 is de voetgangerstunnel vernieuwd en voorzien van liften. Ook krijgt het station twee extra zijperrons. Aan de straatzijde komt een rechthoekig gebouw van met daarin een fietsenstalling. Boven de voetgangerstunnel is het hoge dak van de fietsenstalling doorgetrokken als luifel.
