Wanneer begin jaren ’60 van de 19e eeuw de bouw van de zogenaamde Waterstaatstations in volle gang is, worden in de tussentijd diverse nieuwe standaardontwerpen gemaakt. Zo komt er in 1864 een nieuw ontwerp voor het zeer kleine standaardstation van het type vijfde klasse. Bij het nieuwe ontwerp zijn de beide zijvleugels twee keer breder dan bij het eerste ontwerp. Gebouwen van het nieuwe type vijfde klasse zijn het daaropvolgende jaar in Olst en Wijhe neergezet. Later verschijnt een modernere variant van het ontwerp bij verschillende stations in Friesland en Drenthe.
Station Wijhe wordt in oktober 1866 tegelijkertijd met het baanvak Deventer – Zwolle van Staatslijn A in gebruik genomen. In 1898 krijgt het station aan de linkerzijde een lange lage zijvleugel. Aan de oude linker zijvleugel komt aan de perronzijde een lage uitbouw.
Om de treindienst te versnellen, sluit NS in mei 1936 alle stations tussen Deventer en Zwolle. Vanaf juni 1940 stoppen er echter weer treinen in Wijhe.
Het weinig doelmatige gebouw is in 1975, net als veel andere soortgelijke stationsgebouwen in die periode, gesloopt. Op de plek van het vroegere stationsgebouw komt alleen een abri. Sinds 1987 staat bij het station een zogenaamde machinistenbunker opgesteld.
Op de foto boven dit artikel de wachtruimte van station Wijhe op 11 april 2020.