In 1843 neemt de Nederlandsche Rhijnspoorweg-Maatschappij tussen Amsterdam en Utrecht het eerste deel van de Rhijnspoorweg in gebruik. In Maarssen wordt, net als in de meeste andere plaatsen langs de lijnen van de NRS, een directiekeet in gebruik genomen als tijdelijk stationsgebouw. Rond de eeuwwisseling moderniseert de NRS, net als andere spoorwegmaatschappijen, diverse kleinere stations tot efficiënt eilandstation met perrongebouw. De eilandstations in Maarssen en het nabijgelegen Loenen-Vreeland aan dezelfde lijn zijn in 1890 gereed. Het kleine perrongebouw met puntdak en luifel rond het hele gebouw bevat alleen de noodzakelijke stationsvoorzieningen. De woning van de stationschef komt op een andere plek. In 1953 versobert NS de bediening van het station tot één trein per dag per richting.
In de jaren ’70 start bij het station de bouw van de wijk Maarssenbroek en vanaf 1974 wordt het station weer regelmatig bediend. In 1979 is het oude vervallen perrongebouw vervangen door eenvoudige nieuwbouw. Het smalle transparante gebouwtje krijgt opnieuw alleen de noodzakelijke voorzieningen als een loket en een wachtruimte. Het bouwwerk krijgt een trapeziumvormige kap die nog enkele meters in het verlengde van het gebouw doorloopt boven het perron.
Het stationsgebouw is in 2003 alweer gesloopt om ruimte te maken voor de spoorverdubbeling tussen Amsterdam en Utrecht. In 2004 is het vernieuwde eilandperron gereed. Het perron is via een brede passerelle verbonden met Maarssenbroek. De passerelle zonder verdere stationsfuncties is ingebouwd in een nieuw kantoorpand dat naast het station is geplaatst.
Op de foto boven dit artikel de westelijke entree van station Maarssen op 22 oktober 2016.
