Zicht op de perrons van Hoofddorp op 5 mei 2016.

In 1981 neemt NS het tweede station van Hoofddorp in gebruik. Het eerste station ligt aan de zogenaamde Haarlemmermeerlijnen en doet dienst van 1912 tot 1936. Deze lokaallijnen zijn vrijwel direct na de sluiting opgebroken. Het stationsgebouw bestaat echter nog altijd.

Hoewel het niet in de oorspronkelijke plannen is opgenomen, krijgen Hoofddorp en Nieuw Vennep op aandringen van de gemeente Haarlemmermeer een halte aan de nieuwe Schiphollijn. Beide haltes zijn in 1986, vijf jaar na de opening, voorzien van een vrijwel identiek stationsgebouw langs één van de twee zijperrons. De gebouwen worden vooral gekenmerkt door de brede rode dakomlijsting. Omvangrijke uitbreidingen van het aantal sporen en andere infrastructuur zorgen ervoor dat het stationsgebouw in Hoofddorp al in 1997 is gesloopt.

In 1998 is het compleet vernieuwde stationscomplex in gebruik genomen. Het emplacement is omhooggebracht en kent naast een flink aantal sporen voortaan twee brede eilandperrons met opvallende gebogen perronkappen. Een deel van het emplacement ligt op een viaduct boven het busstation en een route voor langzaam verkeer. Het stationsgebouw komt deels onder het viaduct. Het driehoekige dak boven de entree steekt enigzins als herkenningspunt omhoog.