Bij de opening van de staatslijn tussen Harlingen en Nieuwe Schans is de Harlingse veerhaven het werkelijke startpunt van de verbinding. De halte bij de Oude Veerhaven heeft geen voorzieningen en wordt slechts sporadisch gebruikt. In 1961 is in Harlingen de nieuwe veerhaven in gebruik genomen. Het station is tegelijkertijd zo’n 600 meter richting de Waddenzee verplaatst. De kilometrering is hierdoor tot de verplaatsing van het station na de eeuwwisseling -0,6. Op het één van de twee perronsporen zet NS een goederenwagon met een loket neer. In 1970 is de wagon vervangen door een vierkant houten gebouwtje met loket. In 1990 is het gebouwtje weer verwijderd. Dat jaar is een was-/toiletgebouw op het perron neergezet. Het gebouw heeft geen stationsfunctie.
Het gebouw is in 2008 gesloopt om ruimte te maken voor de volgende verplaatsing van het station. Het buitendijkse station is in de daaropvolgende jaren binnendijks gelegd. Van maart 2009 tot juni 2010 is het station niet in gebruik. Hierna zijn de nieuwe kademuur en het nieuwe enkelsporige station in gebruik genomen. Aan de andere zijde van de muur zijn nog altijd restanten van de havensporen terug te vinden.
Op de foto boven dit artikel een overzicht van het nieuwe binnendijkse stationsgebied van Harlingen Haven op 19 april 2014.
