Als onderdeel van de eerste periode van aanleg van spoorwegen door de Staat is ook de marinehaven aan het Nieuwe Diep bij het dorp Helder met Amsterdam verbonden. In december 1865 is het eerste gedeelte van Staatslijn K tussen de haven en Alkmaar gereed en is onder andere het station Nieuwe Diep in gebruik genomen. Hoewel de plaats dan nog niet veel voorstelt is het station net als steden als Alkmaar, Leeuwarden en Eindhoven voorzien van een groot standaardgebouw van het type derde klasse. Het gebouw kent een hoog middendeel en twee korte vleugels. Beide vleugels hebben vervolgens twee korte eindvleugels die wat naar achteren staan en blinde muren hebben.
Vrijwel alle stationsgebouwen van het type zijn op verschillende manieren verbouwd en uitgebreid. Zeven jaar na de opening is ook het stationsgebouw van Nieuwe Diep sterk uitgebreid. De linker vleugel wordt hierbij drie keer en de rechter vleugel vier keer langer. Bovendien is de rechter vleugel hierbij verbreed. Het middendeel krijgt aan de straatzijde een uitbouw waardoor de dienstwoning op de eerste verdieping een groot dakterras krijgt. In 1890 wijzigt de naam van het station in Den Helder. In de jaren ’20 staat het station enkele jaren als Helder in het Spoorboekje.
Na de Tweede Wereldoorlog wordt besloten het centrum van de stad te moderniseren. Om de verschillende stadsdelen beter te verbinden, is de spoorlijn over een lengte van zo’n 600 meter ingekort. Aan het nieuwe begin van de spoorlijn is nieuw stationsgebouw neergezet. Het zeshoekige gebouw is één van de weinige echte kopstations van Nederland. Op het lage bakstenen gebouw komt een betonnen dak in de vorm van elf zadeldakjes. De vorm van het gebouw doet enigszins aan een schip denken en ook het interieur kent diverse verwijzingen naar de scheepvaart en de zee. Naast het gebouw is een klokkentoren in de vorm van een baken neergezet. Het nieuwe stationsgebouw is in 1958 in gebruik genomen. Datzelfde jaar is het oude gebouw gesloopt.
In 2021 is aan de Spoorstraat, nabij de locatie van het eerste stationsgebouw een woon- en werkcomplex met winkelruimtes neergezet. De architectuur van ‘Halte Bellevue’ refereert sterk naar het oorspronkelijke stationsgebouw.
Op de foto boven dit artikel de oostzijde van het stationsgebouw van Den Helder op 2 mei 2015.