In 1866 introduceren de Staatsspoorwegen een nieuw standaardontwerp voor de zogenaamde Waterstaatstations van het type vijfde klasse. Vrijwel alle gebouwen verrijzen langs Staatslijn H. Zowel in Culemborg als in Houten, Schalkwijk, Geldermalsen en Waardenburg aan dezelfde lijn, zetten de Staatsspoorwegen een stationsgebouw van het nieuwe type vijfde klasse neer. Het eenvoudige lage gebouw heeft een dienstwoning en de standaard stationsvoorzieningen. Het station wordt bij de opening van het baanvak Utrecht – Waardenburg in 1868 in gebruik genomen.
In 1974 is het stationsgebouw vervangen door een ruim opgezet nieuw stationsgebouw. Het rechthoekige stationsgebouw verbindt het laaggelegen stationsplein met het perron aan de hoge spoordijk. Terwijl beneden de loketten en dienstruimtes komen, kent de bovenverdieping een wachtruimte en een kleine stationsrestauratie. Beide zijperrons krijgen bovendien windschermen met luifels en wachtruimten.
Naast het stationsgebouw is een éénstandige locomotiefloods uit 1868 te vinden. Het laatste stationsgebouw van nieuwe type vijfde klasse staat even verderop in Houten.
Op de foto boven dit artikel het stationsgebouw van Culemborg met op de achtergrond de locomotiefloods uit 1868 op 25 oktober 2014.