Bij de opening van het baanvak Boxtel – Eindhoven van Staatslijn E in juli 1866 krijgt Best een standaard stationsgebouw van het type vijfde klasse. Het gebouw heeft hoog middendeel met puntgevel dan aan de perronzijde naar voren staat en twee korte zijgevels. Net als een groot aantal soortgelijke stationsgebouwen is ook het stationsgebouw van Best vergroot. In 1882 krijgt het gebouw twee lage zijvleugels. Later is het middendeel van een extra verdieping voorzien. Om de dienstregeling tussen Utrecht en Eindhoven als onderdeel van het zogenaamde Middennet te versnellen, sluit NS het station in 1938. In 1940 is het station weer in gebruik genomen.
Het stationsgebouw ontkomt in de jaren ’70 niet aan de sloopwoede bij NS. Het gebouw is in 1975 gesloopt om plaats te maken voor eenvoudige nieuwbouw. Net als een groot aantal vergelijkbare plaatsen komt ook in Best een zogenaamde tweekamerbungalow met de uiterst noodzakelijke voorzieningen. NS neemt het nieuwe stationsgebouw in 1977 in gebruik.
Na 23 jaar is het stationsgebouw gesloopt om plaats te maken voor de spoorverdubbeling tussen Boxtel en Eindhoven. Het viersporige baanvak is ter hoogte van Best verdiept en ligt bij het station grotendeels ondergronds. Boven de toegang tot de twee eilandperrons komt een opvallend groot glazen ontvangstgebouw. In het gebouw is ruimte voor een horecagelegenheid. Het complex is in 2002 in gebruik genomen.
Op de foto boven dit artikel de bovengrondse entree van station Best op 20 september 2015.
