In juni 1986 nemen de Nederlandse Spoorwegen de zogenaamde Westelijke Tak van de Schiphollijn in gebruik. Tussen Schiphol en Amsterdam Sloterdijk komen twee tussenstops. Naast het in 2000 alweer gesloten station Amsterdam de Vlugtlaan komt ter hoogte van de kruising met de Cornelis Lelylaan het station Amsterdam Lelylaan. Naast de hoofdroute tussen Osdorp en de binnenstad kruist het station ook nog andere wegen en een busstation. Het station ligt dan ook op een viaduct van bijna 400 meter lang. Het viaduct rust op ronde kolmmen en een aantal uitgeholde kubusvormige ondersteuningen. In de kubussen komen de trappen en roltrappen naar het eilandperron en enkele kiosken. Ook de stationshal is onder het viaduct te vinden. De hal kent grotendeels glazen wanden. De gesloten ruimtes krijgen aan de buitenzijde opvallende blauwe panelen met afgeronde hoeken. Het station krijgt vier markante torens van 18 meter hoog met daarin de liftschachten. Alleen in de zuidelijke toren is daadwerkelijk een lift te vinden. De 150 meter lange perronkap is aan de torens opgehangen. Onder de kap bevindt zich een perrongebouw met de loketten en de stationsrestauratie.
In 1997 krijgt ook de parallel gelegen ringlijn van het GVB een halte ter hoogte van station Lelylaan. De uitbreiding van het station krijgt echter de standaard vormgeving van de metrolijn.
Nog voor de eeuwwisseling zijn de loketten naar de stationshal verplaatst om plaats te maken voor een wachtruimte. In 2016 is het complete perrongebouw gesloopt.