In oktober 1878 neemt de Spoorweg-Maatschappij Leiden-Woerden aan de spoorlijn tussen beide plaatsen het station Alphen in gebruik. Het stationsgebouw is binnen een jaar echter zo verzakt dat de LW besluit om het te slopen en op een stevige fundering een vrijwel gelijk gebouw neer te zetten. Het stationsgebouw van bestaat uit een hoog middendeel met twee lage vleugels. Rondom de ingang en op de hoeken van het middendeel en de vleugels bestaan de wanden uit imitatie natuursteenblokken. Later krijgt het stationsgebouw een nieuwe, naar voren staande ingangspartij. In 1886 heet het station Alfen – Oudshoorn. Tien jaar later wordt Alphen weer met ph geschreven. Vanaf 1918 heet het station Alphen aan den Rijn. 1932 krijgt het gebouw aan beide zijden twee verschillende uitbouwen met plat dak. Hierna vinden nog diverse verbouwingen aan het gebouw plaats en is het witgepleisterd.
Het gebouw is als onderdeel van de algehele vernieuwing van het stationsgebied in 2007 gesloopt. Er komt geen vervangend stationsgebouw. Als herkenningspunt van het gebied is de zogenaamde Fietsappel neergezet. Het bouwwerk is zestien meter hoog en bestaat uit een klokhuis van stalen kolommen en een schil met daarbinnen een hellingbaan waarop aan beide zijden fietsen gestald kunnen worden. De onbewaakte fietsenstalling is in de zomer van 2010 opgeleverd en biedt plaats aan bijna 1.000 fietsen.
In 2018 is tussen het zijperron en het busstation een dienstgebouw voor Arriva in gebruik genomen. Een deel van het gebouw is in gebruik als Stationshuiskamer annex wachtruimte. Het lage eenvoudige gebouw kan min of meer als nieuw stationsgebouw gezien worden. Het openbare deel heeft vrijwel een geheel glazen gevel.
Op de foto boven dit artikel het dienstgebouw van Arriva met daarin voor de reizigers een Stationshuiskamer. Alphen aan den Rijn, 12 februari 2022.