Wanneer de Nederlandsche Rhijnspoorweg-Maatschappij in maart 1845 het baanvak Driebergen – Veenendaal van de Rhijnspoorweg in gebruik neemt, komt ook in Maarn een eenvoudige stopplaats. Bij de halte staat een zeer klein stenen wachthokje met puntdak. In 1895 is het gebouwtje vergroot. Aan beide zijden komen identieke gebouwtjes die groter zijn dan het bestaande hokje. Doordat Maarn dankzij de spoorlijn, de nabijgelegen zandafgraving en het omvangrijke rangeerterrein steeds verder uitbreidt, krijgt het dorp in 1909 een geheel nieuw stationsgebouw. Het lage asymmetrische gebouw heeft naast enkele ruimtes voor de stationsdienst ook een dienstwoning. De ingang aan het stationspleintje wordt geaccentueerd met een puntgevel. De woning bevindt zich aan de rechterzijde van het gebouw en staat haaks op de rest van het gebouw.
In 1972 neemt NS ruim een kilometer ten westen van het station een nieuw station Maarn in gebruik. Het station vervangt niet alleen het oude station maar indirect ook het station van Maarsbergen dat bijna drie kilometer oostelijker ligt.
Terwijl het woongedeelte in gebruik blijft als woning, vestigt de Spoorwegpolitie zich in het andere deel van het oude stationsgebouw voor de training van politiehonden. Later wordt dit deel een atelier.
Terwijl het nieuwe station Maarn een halte aan de vrije baan is, kent het oude station nog altijd een klein emplacement. Van het uitgebreide rangeerterrein dat van 1901 tot begin jaren ’30 tegenover het station ligt, resteren na de aanleg van de A12 nog enkele sporen. Aan de andere zijde van de snelweg bevinden zich restanten van beide draaischijven. Het tweetal ligt in het natuurgebied dat hier is ontstaan na de sluiting van de Zanderij.