In 2005 ontwikkelt Fahrzeugtechnik Dessau een concepttreinstel voor regionaal vervoer. Het bedrijf ontwerpt de treinstellen voor verschillende soorten elektrische- en diesel elektrische aandrijving. De fabriek kan het materieel als twee-, drie- en vierwagenstellen leveren. In september 2006 wordt het prototype FTD 01 afgeleverd. Het stel rijdt in de grijze kleurstelling van de fabrikant diverse proefritten. Hoewel het treinstel een vrijwel volledig interieur heeft, is het niet in de reguliere reizigersdienst ingezet. Een jaar later neemt Connexxion vijf treinstellen in gebruik op de zogenaamde Valleilijn, de verbinding tussen Amersfoort en Ede-Wageningen. Door het faillisement van de fabrikant zijn de vijf tweewagenstellen van Connexxion en een protostel de enige treinstellen van dit type.
Eind 2006 wint Connexxion de aanbesteding voor het spoorvervoer tussen Amersfoort en Ede-Wageningen. De provincie Gelderland hernoemt de verbinding, die tot dan bekendstaat als Kippenlijn, in Valleilijn. Voor het traject is een regiogebonden vervoersconcept bedacht. Ook de busverbinding tussen Ede en Wageningen is hierbij betrokken.
Connexxion bestelt april 2006 vijf stellen van het type Protos. Een half jaar later levert fabrikant Fahrzeugtechnik Dessau het eerste prototype van het compleet nieuwe ontwerp af. Tijdens het ontwerpproces voor de treinstellen van Connexxion zijn reizigers regelmatig gevraagd naar hun wensen. Uiteindelijk komt naar voren dat zowel forensen als scholieren een eigen plek in de trein krijgen. Het interieur is bij verschillende afdelingen van de Protos anders opgezet. Voor scholieren is, verdeeld over twee coupés, de ‘Dance Vallei’ ingericht. In één coupé zijn de banken langs de zijwanden geplaatst. In het tweede deel is ingericht met klapzittingen en statafels. Ook zijn er plannen voor een frisdrankautomaat en grote beeldschermen waar de muziekzenders zijn te zien. Deze schermen blijven na protest door de organisatie van Dance Valley achterwege. Aan het andere uiteinde van de trein bevindt zich een afgesloten coupé eerste klasse met zestien zitplaatsen met laptopaansluitingen. Tussen deze twee uitersten bevinden zich de ‘normale’ reizigersafdelingen met stoelen in vis-a-vis opstelling. De treinstellen kennen geen toiletten. De treinstellen krijgen de blauwe Valleilijn-huisstijl. Het interieur krijgt de kleuren uit de Gelderse Vallei.
Connexxion zet de eerste stellen vanaf eind september 2007 in. In de loop van dat jaar volgen ook de andere stellen. De nummering 5031-5035 sluit aan op de Utrechtse sneltrams. In eerste instantie is het de bedoeling ook het proefstel aan de overige stellen aan te passen. In afwachting hierop huurt Connexxion een Plan V-treinstel. In 2012 ziet de vervoerder definitief af van de ombouw van het proefstel en bestelt ter completering van het materieelpark een driewagenstel van het type GTW. Deze is enkele jaren later vervangen door twee treinstellen van het type FLIRT3. Het proefstel staat nog altijd bij Waggonbau Dessau.
Bij de overname van de concessie voor de Valleilijn in december 2023 neemt Keolis de treinstellen over van Connexxion. In de loop van 2024 worden de treinstellen gemoderniseerd. Zo krijgen ze onder andere nieuwe stoelen en stopcontacten. Omdat de nieuwe concessie wordt uitgevoerd onder de merknaam RRReis, krijgen de treinstellen de bijbehorende huisstijl.
INZET
Voor Connexxion is de Valleilijn de enige spoorlijn waar de vervoerder de treindienst exploiteert. De Protos-treinstellen zijn dan ook alleen op deze verbinding te zien. Connexxion rijdt het grootste deel van deze diensten tussen Amersfoort, Barneveld en Ede-Wageningen met de Protos-stellen. Omdat alle vijf de treinstellen zeven dagen per week nodig zijn voor de dienstregeling op de Valleilijn, is het materieelpark tot juni 2013 aangevuld met één of meer Plan V-treinstellen. Enkele weken eerder komt het GTW-treinstel van de vervoerder het materieelpark versterken. Van december 2016 tot februari 2018 zorgen twee dieseltreinstellen van Breng voor de versterking. Vanaf die maand worden de Protos op de Valleilijn versterkt door twee treinstellen van het type FLIRT3.
Op de foto boven dit artikel rijdt Protos 5031 op 13 augustus 2017 als stoptrein van Amersfoort naar Ede-Wageningen bij Barneveld Zuid.