De Hollandsche Electrische Spoorweg Maatschappij opent de spoorlijn tussen Bovenkerk en Uithoorn in mei 1915 tegelijkertijd met de aansluitende lijn tussen Aalsmeer en Amsterdam Willemspark. De acht kilometer lange spoorlijn is tot 1950 in gebruik voor het reizigersvervoer tussen Amsterdam, Uithoorn, Mijdrecht, Vinkeveen en Nieuwersluis-Loenen aan de Rhijnspoorweg. In 1972 staakt NS het goederenvervoer tussen Amsterdam en Uithoorn officieel. Het baanvak tussen Uithoorn en het Jollenpad is echter nog tot 1981 in gebruik voor de aanvoer van materialen en later van reizigersmaterieel voor de nieuwe Schiphollijn. In 1987 is het baanvak tussen Bovenkerk en Uithoorn alsnog opgebroken.
Bij Bovenkerk is een klein gedeelte van de spoorlijn behouden als onderdeel van de sporendriehoek voor de museumtrams van de EMA. Tussen Bovenkerk en de Amstelveense Beneluxbaan is een kort gedeelte van het baanvak in gebruik als fietspad. Vervolgens is het traject een paar honderd meter onderdeel van een brede groenstrook. Vanaf september 2004 rijden de sneltrams van de verlengde lijn 51 zo’n anderhalve kilometer over het voormalige traject van de Haarlemmermeerlijn. Aan het toenmalige eindpunt van de sneltramlijn staat aan de J.C. van Hattumweg een dubbele wachterswoning. Het kleine emplacement van het station Legmeerpolder aan de overzijde van de weg is alleen nog door het slotenpatroon te herkennen.
De voormalige spoorlijn vormt lange tijd een wandelpad tussen Amstelveen en Uithoorn. Vanaf 2012 loopt het pad echter na zo’n twee kilometer dood op de omgelegde Provinciale weg N201. Aan de zijde van Uithoorn is het traject tot aan de aansluiting op de lijn Aalsmeer – Nieuwersluis opnieuw als onverhard pad te volgen. De dubbele wachterswoning bij de voormalige stopplaats Kanaalweg is in 2006 gesloopt. De locatie is nog enigszins door het slotenpatroon te herkennen.
In 2016 is besloten de zogeheten Amstelveenlijn via het voormalige spoorwegtracé als normale tramlijn door te trekken naar Uithoorn. Hierbij is eerst de sneltramlijn omgebouwd tot normale tramlijn. Bij het voormalige station Legmeerpolder komt in 2020 een opstelterrein.
In 2021 start de aanleg van de Uithoornlijn. De nieuwe trambaan komt op een verbrede en opgehoogde spoordijk. Hierbij verdwijnen alle sporen van de vroegere spoorlijn. Het opstelterrein hoogte van het voormalige station Legmeerpolder is verder uitgebreid tot volwaardige remise. Over de N201 komt een viaduct. De Uithoornlijn kent drie haltes en eindigt bij het voormalige stationsgebouw. Hier buigt de tramlijn af naar een eigen tracé naast de busbaan die over het vroegere spoorwegtracé loopt. De Uithoornlijn is in juli 2024 gereed.
Op de foto boven dit artikel: Ten zuiden van de voormalige halte Bovenkerk splitsen de lijnen naar Aalsmeer en Uithoorn. In de splitsing staat de dubbele baanwachterswoning 37 A/B. De EMA heeft tussen beide doodlopende lijnen een verbindingsbaan aangelegd zodat trams kunnen driehoeken. Bovenkerk, 13 september 2014.